阴茎变黑，可能是正常的生理现象，也可能是疾病因素导致的。
1、生理现象：在婴幼儿时期，人体各个部位的皮肤颜色差不多，没有明显的差异，都比较娇嫩。到了青春发育期，由于激素的作用，阴茎皮肤会变黑，使得看上去外阴由幼稚型成长成为成年型，完成了由男孩儿向男子汉的转变，属于正常的生理发育。
2、疾病相关：发生嵌顿包茎等影响血液回流的疾病，以及黑色素瘤等疾病，阴茎也会变黑。成年男性，尤其是中老年男性，如果阴茎皮肤上长黑痣，或者黑痣生长较快，应尽快看皮肤科，以鉴别是良性黑色素瘤还是恶性黑色素瘤，并进行相应的治疗。
需要注意的是，有些人认为生殖器颜色变黑，是过度使用、反复摩擦导致的。这是错误的观点。实际上，即使生殖器没有过度使用、反复摩擦的情况，性成熟后，生殖器的皮肤颜色仍然会变黑。