引起弱精子症的原因比较复杂。部分患者难以找到病因，称为特发性弱精子症。部分患者可以找到明确病因，主要包括先天因素、感染因素、内分泌因素、免疫因素、微量元素缺乏、环境因素、不良的生活方式等。
1、先天因素。例如，睾丸发育不全，可影响精子的活力，进而引起弱精子症。
2、感染因素。男性生殖器官如附睾、输精管、前列腺、精囊腺或者射精管等部位的感染，可影响精子的成活率和活动力，进而引起弱精子症。
3、内分泌因素。雄激素水平与精子活力有明显相关性。例如睾酮，其既可促进精子的发生和成熟，也可影响精子的运动能力，当睾酮水平下降，则可能导致弱精子症。
4、免疫因素。如果机体因某种因素产生了抗精子抗体，则抗精子抗体就会攻击精子，进而阻碍精子的运动，造成弱精子症。
5、微量元素缺乏。例如缺锌、硒等微量元素，可能会显著降低精子的活力，进而引起弱精子症。
6、环境因素。包括高温、放射暴露和化学毒物的暴露等，也可引起弱精子症。
7、不良的生活方式。例如吸烟、酗酒、熬夜或是久坐等，都可能影响精子的活力，进而引起弱精子症。