阴茎中线囊肿破溃后，首先要预防感染，必要时可通过手术切除，以防止复发。
阴茎中线囊肿破溃后，患者需要保持阴茎的清洁卫生，尤其是要避免创面接触污物，以免造成创面的污染，可在医生的指导下，涂抹红霉素软膏等抗生素药物，以预防感染。同时要注意监测创面变化，一旦发生出血、流脓等特殊情况，需要及时就医、进行治疗。通过上述处理，创面一般不会发生感染，待破溃面完全愈合后，基本就可以恢复正常了。
需要注意的是，阴茎中线囊肿体积较小，一般来说没有明显症状，不会影响排尿功能和性功能，可以不进行特殊治疗。但如果囊肿比较大而容易破溃，或者已经发生了破溃，最好及时就医，尽量减少破溃后继发感染的风险，必要时可通过手术切除或二氧化碳激光治疗去除囊肿。