隐匿型阴茎一般是指隐匿阴茎，本病通常是由于耻骨前脂肪堆积、阴茎皮肤发育障碍、阴茎肉膜发育异常、阴茎背侧纤维索异常增生等原因引起的。
1、耻骨前脂肪堆积：隐匿阴茎患者可伴有肥胖，其耻骨前区域的脂肪可能异常肥厚，使阴茎隐匿于皮下脂肪中。对于一些年长的隐匿阴茎患者，随着年龄的增长，其腹部脂肪可能逐渐增多，腹壁也逐渐松垂，进而使部分阴茎被掩盖在松垂的腹壁脂肪之中。
2、阴茎皮肤发育障碍：由于阴茎肉膜的异常发育，阴茎体与阴茎皮肤的正常附着会出现障碍，发生阴茎体与皮肤相脱离的现象。因为阴茎隐匿于皮下，阴茎皮肤由于没有阴茎体的机械刺激，不能与阴茎体的发育相同步，因而隐匿阴茎患者的阴茎皮肤通常是缺乏的，这也对阴茎体的外露造成困难。
3、阴茎肉膜发育异常：阴茎肉膜直接附着于阴茎体的前端甚至颈部，是造成隐匿阴茎的主要原因；而Camper筋膜脂肪层的下移、阴茎肉膜与深筋膜间的脂肪组织异常堆积以及阴茎肉膜增厚、弹性差，则加重了隐匿程度。
4、阴茎背侧纤维索异常增生：隐匿阴茎的发病不仅是一种组织的发育异常，部分学者在进行手术时发现，患者阴茎的背侧通常有异常增生的纤维索条，该纤维索条将阴茎体与阴茎上方的组织相连，阻碍阴茎的显露。