肝囊肿通常是由于先天因素、寄生虫、创伤、炎症、遗传及肿瘤等原因所引起的。
1、先天因素：是导致肝囊肿形成的最常见原因，目前认为，先天性肝囊肿是由于胚胎发育时期肝内胆管和淋巴管发育异常所致，包括单发和多发两种类型，平时我们所说的肝囊肿，主要就是指先天性肝囊肿。
2、寄生虫：包括肝包虫、肝姜片虫和华支睾吸虫等，以肝包虫最为多见，这些寄生虫的幼虫可侵入肝脏，并在肝内形成寄生虫性肝囊肿。
3、创伤：当机体受到直接或间接性暴力损伤时，有可能造成肝内胆管闭塞，从而导致肝内导管形成囊泡样改变，属于假性囊肿。
4、炎症：主要是由于胆管炎症所引起，也属于假性囊肿，多为单发。
5、遗传：少数肝囊肿患者存在家族遗传史，因常染色体的基因突变，从而导致肝内胆小管发育障碍，形成多发性肝囊肿。这种情况较为罕见，通常呈常染色体显性遗传，约50%患者会合并肝外多囊病变，以多囊肾为主。
6、肿瘤：包括囊状淋巴瘤、畸胎瘤性囊肿、囊性腺瘤等，这一类肿瘤也可侵犯肝脏，形成囊性病变，临床罕见。
综上，能引起肝囊肿的原因较多，肝囊肿多无明显临床表现，患者主要在体检时发现并就诊。多数患者在采取及时有效的治疗后预后良好，少数患者就诊时已出现囊肿破裂、出血等紧急情况，或病变广泛、肝组织破坏严重，这类患者治疗难度较大，预后较差。