附睾囊肿手术会有一定的风险，主要包括麻醉意外、影响生育、手术并发症等。
1、麻醉意外：在进行附睾囊肿手术时，医生会给予患者局部麻醉或者神经阻滞麻醉，部分患者可能会对麻醉药物产生过敏反应，进而出现麻醉意外。
2、影响生育：附睾囊肿的手术过程是先将阴囊皮肤切开，然后进入睾丸的鞘膜层找到附睾囊肿，再将囊肿完全切除，最后对创面进行止血缝合。在此过程中，如果手术操作不当，或者手术医生经验较少，可能会在术中损伤附睾或误伤睾丸血供，进而影响患者的生育功能，严重者可导致不育。因此，在临床工作中，医生通常不建议还没有生育的男性，进行附睾囊肿手术。
3、手术并发症：在进行附睾囊肿手术时，如果止血不完善，可能会导致阴囊血肿；另外，附睾囊肿手术还会出现切除不完全、附睾积液等并发症，而且囊肿切除后，其他位置可能还会长出新的囊肿。