附睾囊肿手术，一般是指附睾囊肿切除术，其后遗症主要有阴囊血肿、鞘膜积液以及生殖功能损害。
1、阴囊血肿：在进行附睾囊肿切除术时，如果止血不完善，可能会导致阴囊血肿。
2、鞘膜积液：在进行附睾囊肿切除术时，可能会因为刺激精索和损伤淋巴管而引起鞘膜积液。
3、生殖功能损害：附睾囊肿和附睾的联系非常密切，在手术分离囊肿的过程中，可能会损伤附睾，从而影响附睾的功能，影响精子储存、精子成熟和精子运输的过程。另外，手术需要进入睾丸的鞘膜层找到附睾囊肿，在此过程中如果误伤睾丸血供，会影响睾丸的功能，干扰精子的生成。总之，如果附睾和（或）睾丸的功能受到损伤，会影响患者的生殖功能，严重者可造成不育。
所以，对于附睾囊肿的患者，如果没有生育过，不建议盲目做手术。对于尚有生育需求的患者，若必须手术时，建议与医生沟通预先储存精液。