慢性附睾炎的治疗主要包括一般治疗、药物治疗和手术治疗。
1、一般治疗：可使用阴囊托或软垫托起阴囊，以及局部热敷或热水坐浴，均有助于缓解症状，但热敷和坐浴时要注意保证合适的温度，以免烫伤。
2、药物治疗：以口服抗生素治疗为主，合并急性发作时，可予全身性抗生素治疗。医生一般会先根据经验用药，待细菌培养和药敏试验结果出来后，再选择有针对性的抗生素治疗。常用药物种类有头孢菌素类、喹诺酮类、大环内酯类。若患者同时合并慢性前列腺炎，必须同时进行治疗，避免因感染源处理不彻底造成反复发作。另外，临床上也可能配合中药进行治疗。
3、手术治疗：对于反复发作的附睾炎，若上述治疗效果不理想，影响生活和工作，可考虑做附睾切除。
需要提醒的是，慢性附睾炎容易迁延不愈，不仅影响患者的生活质量，而且双侧慢性附睾炎可因附睾梗阻导致无精子症，造成男性不育，所以患者应积极配合医生进行治疗。