精子畸形率高，可能是不良的生活方式、环境因素、物理因素、药物因素、疾病因素造成的。
1、不良的生活方式：长期吸烟、饮酒等，可影响精子的形态，导致精子畸形率高。
2、环境因素：经常接触铅、锰等重金属，接触有机汞农药、有机磷农药等农药，可导致精子畸形率高。
3、物理因素：如果睾丸、附睾长期受到外界的辐射等，可导致精子数目减少、活动下降、畸形率高。
4、药物因素：长期应用或大剂量使用糖皮质激素、雄激素和雌激素，肿瘤患者使用烷化剂（如环磷酰胺）、抗代谢药物（如阿糖胞苷）和生物碱类药物（如长春新碱）等，可能导致精子数目少和精子畸形率高。
5、疾病因素：生殖道感染、精索静脉曲张等疾病，也可导致精子畸形率高。比如，生殖道病原微生物感染（如支原体、衣原体感染）可对精子的形态造成影响，从而导致精子畸形率高；精索静脉曲张可造成静脉血液回流障碍，使代谢毒物聚集、阴囊局部体温升高等，从而影响睾丸功能，导致精子畸形率高。
精子畸形率高可导致女性受孕困难甚至无法怀孕，即使可以成功受孕，胎儿发生畸形的概率也会增加。因此，对于精子畸形率高的男性来讲，要积极进行治疗。患者可在医生指导下应用抗氧化的药物（如维生素E）、改善细胞能量代谢的药物（如左卡尼汀）、改善微循环的药物（如胰激肽原酶），有助于提高精子的活力及改善精子形态，同时积极寻找并去除致病因素。
