对于精子畸形率高，目前并无特效治疗方法，主要是针对病因进行治疗，包括改变不良生活方式、远离不良环境、调节情绪、积极治疗原发疾病等。
1、改变不良生活方式。久坐、吸烟、饮酒等不良生活方式，可导致精子畸形率高，所以，患者应改变这些不良的生活方式，适度运动，避免久坐，戒烟，戒酒等。
2、远离不良环境。化学污染、辐射、高温等，可导致精子畸形率高，所以，患者应远离这些不良环境。
3、调节情绪。内分泌紊乱，可导致精子畸形率高，所以，患者日常应注意保持心情舒畅，避免焦虑、紧张等不良情绪，以免对内分泌产生不良影响。
4、积极治疗原发疾病。存在精索静脉曲张者，可应用七叶皂苷类、黄酮类药物或者手术治疗；存在生殖道感染者，可应用头孢他啶、红霉素、左氧氟沙星等抗生素进行抗感染治疗；存在雄激素水平偏低者，可口服增加雄激素的药物，比如十一酸睾酮等；存在锌等微量元素或者维生素C、维生素E等缺乏者，应补充锌、维生素C 、维生素E等营养物。
中医认为，精子畸形率高主要是因为肾阳不足、肾阴亏虚、湿热下注等所致，患者可在专业中医师的指导下，应用具有温补肾阳、滋养肾阴、清利湿热的中药进行治疗，比如赞育丹、六味地黄丸合五子衍宗丸、程氏萆薢分清饮等。