精子畸形率高会在一定程度上影响怀孕。
精子形态异常主要影响的是精子的受精能力，比如精子顶体偏小甚至缺失，会导致精子难以通过卵细胞屏障；精子尾巴太长或太短，会影响精子运动能力，导致精子无法到达卵细胞附近。但是，精液中精子数量众多，只要仍存在正常精子，就有自然怀孕的机会。所以，精子畸形率高会在一定程度上影响怀孕，但并不是绝对的不育。
精液中畸形精子占比高于96%，就可被诊断为畸形精子症。畸形精子症的病因较多，不良嗜好，如吸烟、酗酒、吸食毒品等，和生殖系统病变，如泌尿系感染、隐睾、精索静脉曲张等，都会导致畸形精子增多。如果能明确具体病因，通过药物、手术等专业治疗去除病因，则整体精子质量会逐渐好转，患者可以自然生育。若难以治疗，通过辅助生殖技术，绝大部分患者也能满足生育需求。
综上，尽管精子畸形率高会在一定程度上影响怀孕，但一般预后良好，患者的生育需求大部分情况下都能得到满足，所以对生育的影响有限，患者不必过于担忧。