少精子症的发病原因较为复杂，可由单个或同时多个因素所引起，还有部分病因不明。
1、内分泌因素：人体内分泌的紊乱，特别是下丘脑-垂体-性腺轴系统功能紊乱，均会造成睾丸生精功能障碍，表现为少精子症，甚至无精子症。其中，以性腺功能不全或性腺功能低下最为常见，其他疾病包括高泌乳素血症、甲状腺功能亢进、糖尿病等。
2、生殖系统因素：包括生殖系统感染性疾病（比如常见的前列腺炎、精囊炎等）、隐睾、精索静脉曲张、生殖道梗阻等，均可影响精子的发生或排出，从而导致少精子的发生。
3、遗传因素：包括体细胞核型异常、Y染色体微缺失等，也会导致精子发生功能障碍，表现为少精子症。
4、其他因素：例如，吸烟、酗酒、久坐、穿紧身裤、经常蒸桑拿等不良生活习惯，射线、噪声、化学制剂、激素滥用等物理化学因素，以及生精所需营养物质缺乏等营养因素。
此外，临床上约30%~40%的患者无法找到确切病因，归类于特发性少精子症。
少精子症通常是指精液化验时，精子计数少于15x106/ml的情况。本病是造成男性不育症的最常见原因之一，如果检查发现患病，且患者存在不育问题，建议及时去正规医院男科或泌尿外科就诊，遵医嘱完善精液常规、激素水平检测、抗精子抗体（AsAb）检查、B超检查等，然后由专业医生进行评估并指导治疗，以获得较好治疗效果，促进精子数量恢复正常水平。