肝囊肿的形成，主要是由于先天因素、寄生虫、创伤、炎症、遗传及肿瘤等因素所导致的。
1、先天因素：是导致肝囊肿形成的最常见原因，目前认为，先天性肝囊肿是由于胚胎发育时期肝内胆管和淋巴管发育异常所致，包括单发和多发两种类型，平时我们所说的肝囊肿，主要就是指先天性肝囊肿。
2、寄生虫：包括肝包虫、肝姜片虫和华支睾吸虫等，以肝包虫最为多见，这些寄生虫的幼虫可侵入肝脏，并在肝内形成寄生虫性肝囊肿。
3、创伤：当机体受到直接或间接性暴力损伤时，有可能造成肝内胆管闭塞，从而导致肝内导管形成囊泡样改变，属于假性囊肿。
4、炎症：主要是由于胆管炎症所引起，也属于假性囊肿，多为单发。
5、遗传：少数肝囊肿患者存在家族遗传史，因常染色体的基因突变，从而导致肝内胆小管发育障碍，形成多发性肝囊肿。这种情况较为罕见，通常呈常染色体显性遗传，约50%患者会合并肝外多囊病变，以多囊肾为主。
6、肿瘤：包括囊状淋巴瘤、畸胎瘤性囊肿、囊性腺瘤等，这一类肿瘤也可侵犯肝脏，形成囊性病变，临床罕见。
在正规医院肝病科，通过超声检查、CT检查、MRI检查等检查明确诊断后，无症状时，肝囊肿无需特殊处理，而肝囊肿巨大，且导致恶心、呕吐、隐痛不适等症状时，患者应接受腹腔镜下“开窗术”治疗。