通常来讲，目前尚无能够消除肝囊肿的药物，因此，药物治疗并不是肝囊肿的首选，但是，在某些情况下，医生会采取药物治疗，对控制病情会比较好。常见药物如下：
1、抗包虫药：对于肝包虫性肝囊肿，在手术前后，辅以抗包虫药治疗，是重要的辅助手段，虽然不能完全治愈肝包虫囊肿，但可以减少术后复发、控制包虫生长。常用药物有甲苯咪唑、阿苯达唑等。
2、生长抑素类似物：对于多囊肝患者，近年来使用生长抑素类似物治疗，可在一定程度上抑制囊肿生长，提高患者生活质量。常用药物有醋酸兰瑞肽、醋酸奥曲肽等。
3、抗感染药物：对于肝囊肿继发细菌感染者，可使用抗生素治疗，常用药物有左氧氟沙星、头孢曲松等。
4、抗过敏药物：对于部分肝包虫囊肿者，可在病程中出现皮肤瘙痒、荨麻疹等过敏表现，故可应用抗过敏药缓解症状，常用药物有氯雷他定、盐酸西替利嗪等。