中医治疗畸形精子症的效果比较好。
目前，中医和西医治疗畸形精子症都暂无特效药物。但是，中医治疗畸形精子症，可根据患者的实际情况进行整体辨证，然后针对不同证型使用不同的药物进行治疗，从而改善患者的整体情况，比如肾阳不足证者，可应用金匮肾气丸合五子衍宗丸；肾阴亏虚证者，可应用左归丸合五子衍宗丸；湿热下注证者，可应用程氏萆薢分清饮；气滞血瘀证者，可应用柴胡疏肝散合桃红四物汤。另外，中医还可通过毫针针刺或艾灸相关穴位，比如气海、命门、三阴交、地机等，来改善畸形精子症。
而西医治疗畸形精子症主要通过使用维生素、肉碱等药物给予营养支持，并改善微循环，提升精子的能量代谢。综上，中医的综合治疗相对于西医的单一药物治疗，取得的效果可能更好一些。
需要注意的是，畸形精子症的定义在学术界还存在一定争议。过去认为只有发现明显畸形的精子才称为畸形精子，而现在认为只要与正常形态不同的精子都属于畸形精子，但是这并不意味着所有与正常精子形态不同的精子都存在问题。