睾丸发育不良的原因包括内分泌因素、遗传因素、解剖因素、感染因素、外伤及手术因素等。
1、内分泌因素。如果患有促性腺激素减退型性腺功能低下症，由于促性腺激素释放激素分泌减少，可能会对促卵泡激素、促黄体生成素的合成造成影响，导致性腺发育异常，从而引起睾丸发育不良。另外，垂体微腺瘤会导致催乳素升高，抑制促卵泡激素、促黄体生成素水平，同样会影响性腺发育，引起睾丸发育不良。
2、遗传因素。如果患有克兰费尔特综合征、卡尔曼综合征等，也可能会引起睾丸发育不良。
3、解剖因素。在胚胎期，由于血液供应障碍或在睾丸下降时发生精索扭转，或者未降的睾丸因局部体温和压力较高而发生萎缩，均可能引起睾丸发育不良。
4、感染因素。儿童时腮腺炎导致的病毒性睾丸炎，也可能会引起睾丸发育不良。
5、外伤及手术因素。如果在睾丸发育阶段遭遇外伤或者手术创伤，也可能引起睾丸发育不良。