隐睾是一种具有遗传倾向的先天性疾病，其病因目前尚不清楚，可能与多种因素有关，如内分泌异常、睾丸发育异常、解剖结构异常、遗传因素等，都可能会导致隐睾发生。
1、内分泌因素。当内分泌功能失调时，可能会影响睾酮水平，从而影响睾丸正常下降，引发隐睾。
2、睾丸发育异常。因睾丸发育缺陷，导致其不能对相应的激素产生反应，从而会引起睾丸不能正常下降；有时因胚胎期性腺发育异常，使两侧睾丸融合或者睾丸过大，也会影响睾丸正常下降，引发隐睾。
3、解剖结构异常。鞘状突异常、筋膜覆盖于阴囊入口处、精索血管过短、胚胎时期睾丸与腹膜组织粘连等，均可能会影响睾丸下降，从而引发隐睾。
4、遗传因素。隐睾有明显的家族遗传倾向，存在隐睾家族史的人群，其发病率较正常人高。