复发性阿弗他溃疡是一种最常见的口腔黏膜溃疡类疾病，病因尚未明确，且个体差异明显，目前认为本病可能是免疫因素、遗传因素、环境因素、心理因素、消化系统因素、感染因素等多因素综合作用的结果。
1、免疫因素。细胞免疫功能和体液免疫功能失调均与本病的产生有关。
2、遗传因素。本病的发病有遗传倾向。有研究显示，与本病患者有血缘关系的亲属患病率高。
3、环境因素。生活环境、工作环境、社会环境等也与本病的发生有着很大的关系。
4、心理因素。心理压力是导致本病的最主要因素之一，负面的心理状态可能会促使本病的发生。
5、消化系统因素。胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝胆疾病及寄生虫引起的各种消化的疾病或功能紊乱，与本病的发生密切相关。
6、感染因素。本病患者常会在创伤部位产生口腔溃疡，易导致感染，从而刺激溃疡的反复发作、愈合缓慢。
7、其他因素。挑食、偏食等引起的铁、叶酸、维生素B12的缺乏；激素变化、内分泌紊乱；药物的使用，比如长期口服双磷酸盐、他汀类药物等；对牙膏或食物过敏等，都可能会引起本病。