小三阳可通过抗病毒治疗、抗肝纤维化治疗、抗炎保肝治疗、免疫调节治疗等方法进行治疗。
1、抗病毒治疗。目的是最大限度地长期抑制病毒复制，减少传染性，提高生活质量。对于小三阳肝炎者，可以使用核苷类药物进行治疗，比如恩替卡韦、富马酸替诺福韦酯、富马酸丙酚替诺福韦等；也可以使用干扰素进行治疗，一般多用长效干扰素。
2、抗肝纤维化治疗。为预防肝炎肝硬化的形成，需要抗纤维化治疗，但目前还缺乏有肯定临床疗效的药物，可酌情使用扶正化瘀胶囊、复方鳖甲软肝片等。
3、抗炎保肝治疗。目前临床常用的消炎护肝治疗药物品种繁多，其主要目的是抗炎、保护肝细胞及改善肝功能，代表药物有甘草酸制剂（比如甘草酸二钠）、水飞蓟素制剂、双环醇、还原型谷胱甘肽等。
4、免疫调节治疗。在抗病毒治疗的同时，还应进行免疫调节治疗，以进一步提高疗效，目前常用药物为胸腺肽、重组人白细胞介素-2等。
