隐匿阴茎一般通过体格检查即可确诊，不用进行其他特殊的检查。必要时，患者可以遵医嘱做超声检查、CT检查、实验室检查等，以帮助明确诊断或排除其他疾病。
1、体格检查：医生会用手按压患者的耻骨前区域，使阴茎体尽可能外露，以判断阴茎的长度、粗细，从而判断是否为隐匿阴茎。通常情况下，隐匿阴茎患者在平卧时阴茎仍显得短小，呈小丘状或“鸟嘴”样突起；当用一手牵拉阴茎头，另一手向后推挤阴茎根部皮肤时，可显露出发育基本正常的阴茎体，但松手后阴茎体会很快回缩。
2、超声检查：可以避开体表组织的影响，对阴茎长度进行客观的测量。
3、CT检查：主要用来判断患者是否存在其他先天性畸形。
4、实验室检查：尿常规、血常规检查，可以帮助判断患者是否存在尿路感染；血清性激素测定，可以帮助判断患者是否存在内分泌异常。