灰指甲可以系统用药，而且系统用药治疗效果相对较好。
由于受甲组织结构特点的影响，外用药物通常不能很好地渗透至整个甲板，会导致局部药物浓度不足，从而难以发挥足够的药效，所以，目前在临床上，对于大部分灰指甲患者，只要没有禁忌证，一般都建议采用系统性用药治疗，主要是遵医嘱口服抗真菌药，临床上常用治疗药物有特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等，这些药物临床应用比较久，疗效好，安全性高，且都已得到临床验证。
但是，在少数情况下，比如当灰指甲患者病情较轻，其远端受损甲板小于50%时；当灰指甲患者无甲母质受累时；当灰指甲患者受累的指/趾甲数目小于 4个时；当灰指甲患者不能耐受口服药物治疗时，灰指甲患者也可以采取外用药物治疗，遵医嘱局部涂抹盐酸阿莫罗芬搽剂或冰醋酸等，在一定程度上能够抑制真菌生长。
综上，建议灰指甲患者及时去正规医院皮肤科就诊，并在专业医生指导下，根据自身情况，选择合适的方法进行治疗，以获得满意的治疗效果。