肥大细胞增多症分为皮肤型肥大细胞增多症和系统性肥大细胞增多症两大类，其治疗原则有所不同。
一、皮肤型肥大细胞增多症：1、色素性荨麻疹：症状较轻，且有自愈倾向，可口服抗组胺药控制症状。2、肥大细胞瘤：症状比较严重，会反复出现水疱、大疱，需持续口服抗组胺药，并在局部涂抹激素类药膏，促进肥大细胞瘤消退。3、弥漫性皮肤型肥大细胞增多症：是一种单基因遗传病，在不同时期应采取不同措施，但基本原则是长期口服抗组胺药，配合大量外抹激素，同时避免剧烈活动或受热。
二、系统性肥大细胞增多症：此病可能累及内脏器官甚至血液系统，需要到相应专科进行治疗。还可以在医生指导下，口服激素或免疫抑制药，或者通过伊马替尼等靶向药物进行治疗。
