原发性早泄的病因和发病机制尚不明确，目前认为原发性早泄与心理因素、遗传因素、神经生物学因素、内分泌因素等多种因素有关。
1、心理因素：心理因素可促使原发性早泄，其可能是日常生活中的焦虑、抑郁等不良情绪，也可能是与性生活和亲密关系相关的心理障碍，如既往糟糕的性经验、夫妻矛盾等。多数早泄患者需要进行心理治疗，缓解不良情绪，解决心理问题，有时夫妻共同进行治疗效果更佳。
2、遗传因素：原发性早泄有一定的家族遗传倾向，目前相关研究仍不成熟，可能涉及多个不同基因的综合作用。
3、神经生物学因素：多项研究表明原发性早泄与5-羟色胺（5-HT）、多巴胺、NO等神经生物学递质相关，其中最主要的为5-HT。机体内5-HT的不同受体可起到延长射精或促进射精作用，如果促进射精的受体敏感性较高，能传导更多的射精冲动，就会发生原发性早泄。临床上最主要的治疗方式是口服达泊西汀这类5-HT再摄取抑制剂。
4、内分泌因素：血清泌乳素等激素可通过参与对阴茎的勃起、射精等行为的神经-内分泌调控，从而引起原发性早泄。
5、其他因素：临床上勃起功能障碍患者常合并有原发性早泄，一般认为可能与共同的心理因素有关。勃起障碍患者往往在性生活中伴有焦虑、恐惧等消极心理，且需要更强烈的性刺激维持勃起状态，这会促使患者很快达到射精阈值，导致早泄。患者又会因早泄产生更加消极的心理，形成互为因果的恶性循环。此外，包皮过长、包茎患者也常出现原发性早泄。
临床上常见的原发性早泄多是由多种因素共同作用所致，所以也会采取以口服药物治疗为主，配合使用局部外用药、心理治疗、行为治疗等多种辅助治疗的综合治疗方案。大多数原发性早泄患者经积极治疗后早泄症状可得到改善。