脂溢性角化病和扁平疣是两种不同的疾病，二者的区别主要在于发病原因不同、发病部位不同、临床表现不同、治疗方法不同。
1、发病原因不同。脂溢性角化病确切病因尚不明确，可能与皮肤老化、遗传、日晒、药物、病毒感染、肿瘤、空气污染等因素相关；而扁平疣由人乳头瘤病毒（HPV）感染皮肤所致。
2、发病部位不同。脂溢性角化病可发生于除口腔黏膜、手掌和足底之外的任何部位，以颜面、手背、胸、背等处最为常见；而扁平疣常出现在面部、手背、前臂等部位。
3、临床表现不同。脂溢性角化病主要表现为单个或多个、褐色至黑色、境界清楚、大小不等的斑、扁平丘疹或斑块，有时皮损表面粗糙，覆有油腻性鳞屑；而扁平疣主要表现为略微隆起的扁平丘疹，大小不一，呈圆形或椭圆形，表面光滑，质地较硬。
4、治疗方法不同。脂溢性角化病常采用冷冻、激光、手术（如刮除术、削切术、切除术）、药物（如40%过氧化氢溶液、维A酸）等方法治疗；而扁平疣主要采用外用药物治疗（如维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等）和物理治疗（如冷冻、激光等），皮损较多或久治不愈者，可遵医嘱口服药物治疗。
