引起扁平苔藓的原因尚未完全明确，可能与免疫、遗传、感染、神经精神、药物、疾病、吸烟等因素有关。
1、免疫因素：扁平苔藓的发生可能与活化的T细胞攻击基底层角质形成细胞有关。
2、遗传因素：1.5%~10.7%的扁平苔藓患者有家族史，姐妹同患的较多，也有单卵双胞胎发病者；患者的人类白细胞抗原（HLA）某些位点异常。
3、感染因素：扁平苔藓可能与病毒感染有关。相关性比较明确的是丙型肝炎病毒，其他少见的报道是革兰氏阴性杆菌、螺旋体和白念珠菌等。
4、神经精神因素：约10%扁平苔藓患者发病时有精神紧张因素，60%患者病情可为慢性精神紧张所加剧；心理治疗对某些患者有效。
5、药物因素：布洛芬、萘普生等解热镇痛药，某些用于治疗心脏病、高血压或关节炎的药物，可能会诱发扁平苔藓样皮损。
6、疾病因素：扁平苔藓可合并肝硬化，7%～25%患者有肝酶异常升高，9.5%～13.5%患者伴发慢性活动性肝炎；本病还可伴发自身免疫性疾病，如SLE、皮肌炎、硬皮病、白癜风、天疱疮、斑秃、甲状腺疾病等，部分患者合并糖尿病、结核、恶性肿瘤及内分泌功能异常。
7、吸烟因素：本病与吸烟有关。
扁平苔藓是一种特发性炎症性皮肤病，病变可累及皮肤、毛囊、黏膜和指（趾）甲等多个部位，长期不愈或有糜烂的扁平苔藓还可能发生癌变。因此，通常建议扁平苔藓患者及时去正规医院皮肤科就诊，并在专业医生指导下积极进行治疗，以促进疾病康复。