扁平苔藓可侵犯皮肤、指（趾）甲、口腔黏膜及生殖器等，不同部位的症状存在一定的差异。
1、皮肤损害：典型表现为多角形紫红色扁平丘疹，边界清楚，质地坚硬干燥，有蜡样光泽，可见白色网状条纹（Wickham纹）；皮损可密集成片或融合成斑块，常伴瘙痒。
2、指（趾）甲损害：甲床扁平苔藓会导致甲纵嵴、甲板变薄、甲纵裂、甲表面粗糙及甲月牙发红；病变累及甲母质时，也可出现近端甲襞（覆盖在指甲根部的皮肤皱褶）色素沉着和纵向黑甲；若病变同时累及甲床和甲母质，可能导致甲剥离，有时还可伴甲下角化过度。
3、口腔黏膜损害：病变多累及颊黏膜、牙龈、舌缘和唇，可出现网状或花边状分布的白色条纹、丘疹或斑块，常呈双侧对称分布；有时病变中央会有红色斑片，有时还出现糜烂或明显的溃疡。
4、生殖器损害：男性患者，病变多累及龟头、包皮、阴茎和阴囊，损害常排列呈环状；女性患者，病变多见于大阴唇内侧、小阴唇、阴蒂、前庭，也可累及阴道和宫颈，损害与口腔黏膜的病变相似，从表面白色细网状纹至严重糜烂或溃疡性损害。