甲真菌病的病因是真菌感染。引起甲真菌病的真菌主要是皮肤癣菌，其次是酵母菌和霉菌。同一病甲有时候可以感染两种或两种以上的致病真菌。
甲真菌病多由手癣和足癣直接传染而来。手癣和足癣，分别指的是皮肤癣菌引起的手部、足部皮肤浅表真菌感染。当人体患有足癣时，由于用手抓挠痒处，造成真菌传染至手而发生手癣，而致病真菌会进一步在指（趾）甲上生长，侵犯甲板和（或）甲下组织，则导致甲真菌病的发生。
遗传因素、系统性疾病（如糖尿病）、局部血液循环或淋巴液回流障碍、甲外伤或其他甲病等，均可能增加甲真菌病的患病风险。
甲真菌病通常病程缓慢，如果不治疗，可以迁延终身，而且指甲甲板增厚或破坏，可影响手指的精细动作，另外，指甲增厚或破坏，还会引起疼痛，并可继发嵌甲及甲沟炎等。因此，如果发生甲真菌病，建议患者及时到正规医院的皮肤科就诊，采取针对性的治疗措施。