通常，医生会根据患者的典型皮损及真菌学检查结果，来明确诊断马拉色菌毛囊炎。必要时，还可进行体格检查、伍德灯检查、组织病理检查，以辅助诊断。
一、典型皮损。马拉色菌毛囊炎好发于胸背、肩颈部等皮脂腺丰富的部位，其典型皮损为半球形炎性毛囊性丘疹、丘疱疹或小脓疱，呈半球形，周边有红晕，可挤出粉脂状物质，数十个至数百个。患者可有不同程度瘙痒，在出汗后症状加剧。
二、真菌学检查。该检查主要包括真菌镜检和真菌培养。
- 1、真菌镜检：医生会选择典型的皮损，用镊子用力将毛囊角栓挤压出，制成标本后，放在显微镜下观察，如果见到圆形至卵形、厚壁、单极出芽、成簇分布的孢子，则表明检查结果阳性，可支持马拉色菌毛囊炎的诊断。
- 2、真菌培养：医生会取部分皮损组织放置于培养基中进行培养，如果培养出马拉色菌，则对马拉色菌毛囊炎的诊断具有重要意义。
三、体格检查。医生会对皮损进行检查，以了解其数目、大小、形态、颜色、质地、分布、有无触痛等情况，有助于疾病的初步诊断。
四、伍德灯检查。马拉色菌毛囊炎的丘疹在伍德灯下可呈黄绿色荧光。
五、组织病理检查。必要时，医生会进行组织病理检查，以毛囊为中心取活检，如果在毛囊角栓内、毛囊口、毛囊皮脂腺漏斗部等见到真菌孢子，PAS染色呈红色，则有助于马拉色毛囊炎的诊断。