马拉色菌毛囊炎可能会自愈，主要与病情的严重程度有关。
1、如果患者病情较轻，皮损较少，去除高温环境、服用免疫抑制剂、皮肤卫生条件较差等不良因素，同时注意勤洗澡，勤换衣，穿吸汗衣物，保持皮肤清洁干燥，则马拉色菌可能会停止繁殖，皮损逐渐消退，从而实现疾病自行痊愈。
2、如果患者病情较重，皮损数量较多，病变范围较大，则疾病通常很难自愈。建议患者及时去正规医院皮肤科就诊，在专业医生指导下，酌情外用酮康唑洗剂或者乳膏等外用抗真菌药，必要时口服伊曲康唑等抗真菌药进行治疗，以减轻皮损，缓解病情，促进疾病康复。
马拉色菌毛囊炎常引起皮肤出现半球形炎性毛囊性丘疹、丘疱疹或小脓疱，还可伴不同程度的瘙痒，本病治愈后容易复发，因此，建议患者就医后，需遵医嘱合理、规范的进行治疗，避免擅自停药或更改用药剂量，以降低疾病痊愈后的复发可能。