阴道闭锁是胚胎发育异常所造成的。
正常情况下，在胚胎发育的过程中，阴道的形成要经过复杂的步骤，即双侧副中肾管的中段和尾段合并，形成子宫和阴道的上1/3，而副中肾管最尾端与泌尿生殖窦相连，并最终形成阴道的下2/3。如果泌尿生殖窦及副中肾管发育畸形，无法形成阴道下段，则会引起阴道闭锁，但引起上述胚胎发育异常的具体原因，尚未完全明确。
需要提醒的是，一旦怀疑发生了阴道闭锁，建议患者及时前往正规医院的妇科就诊，医生会通过体格检查、盆腔超声检查、盆腔磁共振成像检查等明确诊断。确诊后，医生会通过手术治疗（如阴道闭锁切开成形术、子宫颈-阴道贯通成形术等）来恢复患者阴道的解剖结构，从而尽可能地避免患者的月经、性生活及妊娠受到影响。