复方血栓通胶囊能否治疗飞蚊症取决于飞蚊症的病因及症状。如果是飞蚊症伴有视网膜破裂、玻璃球出血等症状，复方血栓通胶囊可能有一定辅助治疗的作用，但具体用药应参考医生的建议。安全起见，如果患者眼睛不舒服的话，要去医院接受眼科医生的检查和诊断，接受专业的对症治疗，不要自己盲目用药，以免耽误病情。
复方血栓通胶囊为中药制剂，主要含三七、黄芪、丹参等成分，具有活血化瘀、益气养阴的功效，可有效治疗血瘀兼气阴两虚证的视网膜静脉阻塞。临床上在医生的指导下该药也用于治疗糖尿病视网膜病变、玻璃体积血、老年黄斑变性等多种相同证型的眼底疾病。