头皮毛囊炎是否会自愈，不能一概而论，主要与其病情严重程度有关。
1、如果头皮毛囊炎病情较轻，仅出现少量、散在的头皮红色丘疹，通过去除头皮卫生条件差、头皮护理方式不当等不良因素，日常保持头皮清洁，使用正规的洗发水清洗头发，避免头皮外伤，同时注意清淡饮食，适当锻炼，提高自身免疫力等，炎症可能会自行缓解，皮损也会逐渐消退，从而实现自愈。
2、如果头皮毛囊炎病情较重，皮损数量较多，病变范围较大，甚至出现脓肿、破溃、脱发、瘢痕等，或者同时合并有糖尿病等影响免疫力的基础病，则通常难以自愈，患者需要及时去医院皮肤科就诊，并在医生指导下外用或口服抗生素、抗真菌药物治疗，必要时还可酌情采用手术、激光等方法治疗，以减轻皮损，促进疾病痊愈。