窝沟封闭一般没有害处，只有好处，其好处是可以预防龋病。
牙齿的窝沟点隙是龋病（虫牙）的好发部位。在牙齿咀嚼食物的过程中，食物残渣容易陷入窝沟内，且很难在刷牙时清洁干净，故常常会发生龋病。而在窝沟封闭技术中，医生会使用特殊的封闭材料（如树脂、玻璃离子等）来填充牙齿表面的窝沟，阻挡外界的食物残渣、菌斑等物质进入窝沟，从而达到预防龋病发生的目的。
在此基础上，窝沟封闭还属于无创、无痛操作。因此，仅是在窝沟表面涂抹窝沟封闭剂，并不会对牙齿造成任何损伤，更不会对儿童身体造成影响。因此，当牙齿萌出后，建议儿童及早进行窝沟封闭，预防窝沟龋病的发生。
需要注意的是，窝沟封闭剂一般可以长期保留，但若不注意口腔卫生，也可能会从窝沟表面脱落。因此，窝沟封闭后3~6个月时，家长应带儿童回到医院，对牙齿进行复查。此外，建议每年进行一次口腔常规检查，以便及时发现有无封闭剂脱落的情况，并及时进行弥补。