硫酸庆大霉素氟米龙滴眼液为混悬液，使用前应先用力摇匀。用药前要清洗双手，因为手不干净的话可能携带细菌微生物，造成眼部的感染。滴眼药水时，采取仰卧位或坐位，头略后仰，眼向上看。用拇指轻轻扒开眼下睑，暴露下结膜囊，持眼药瓶或滴管将眼药水滴入结膜囊内。然后轻轻合上眼约2-3分钟，使整个结膜囊内充盈眼药水。这样药物吸收会比较充分，然后再睁眼。
由于每位患者的感染菌种、严重程度等情况不同，具体一天用几次，一次用几滴应听从医师的指导，由于本品中含类固醇成分氟米龙，长期使用可能增加继发性真菌或非易感细菌的感染，所以一般不建议本品使用超过2周。若佩戴隐形眼镜者用药前须取下隐形眼镜，用药后5分钟再戴上。若发生眼部感染，则应停止佩戴隐形眼镜，直至炎症缓解，以防感染蔓延。