天麻醒脑胶囊和正天丸都可以治疗头痛，但在组成、功效与作用、安全性方面有所不同。
首先，组成方面。天麻醒脑胶囊由天麻、地龙、石菖蒲、熟地黄、肉苁蓉、远志组成，正天丸由钩藤、白芍、川芎、当归、地黄、白芷、防风、羌活、桃仁、红花、细辛、独活、麻黄、黑顺片、鸡血藤组成。
其次，功效与作用方面。天麻醒脑胶囊具有滋补肝肾、通络止痛的功效，一般用于肝肾不足所致头痛头晕、记忆力减退、失眠、反应迟钝，以及耳鸣、腰酸。正天丸具有疏风活血、养血平肝、通络止痛的功效，用于治疗外感风邪、瘀血阻络、血虚失养、肝阳上亢导致的偏头痛、紧张性头痛、神经性头痛、颈椎病型头痛、经前头痛，即表现有头部刺痛、痛处固定不移或局部跳痛、舌质紫暗或有瘀斑等症状的患者更适宜选用正天丸。
最后，安全性方面。天麻醒脑胶囊过量使用可引起头痛、头昏、血压先升后降、腹痛、呼吸困难、消化道出血等症状。正天丸偶可导致口干、口苦、腹痛、腹泻等不适，个别患者还可出现肝功能检查异常，见谷丙转氨酶轻度升高。