调经种子丸可用于治疗月经不调、经期腹痛、月经过多。以下为本品的合用禁忌：
一、影响药物有效性：本品含有郁金，与丁香属于中医上的“十九畏”，患者应避免与含有丁香的中成药合用，如苏合香丸、克痢痧胶囊等。
二、影响用药安全性：
1、本品中白芍、丹参与藜芦属于中药“十八反”的合用禁忌范畴，患者应避免将本品与含有藜芦的中成药合用，如三七血伤宁胶囊、神州跌打丸等。
2、本品含有延胡索，可增强马钱子毒性。本品与马钱子或含有马钱子的制剂合用后，对药效、药性的影响存在不确定因素，因此患者需要服用马钱子或含有马钱子的制剂（通痹片、舒筋活血丸等）前应咨询医生。
3、本品与肝素、华法林、阿司匹林等药物合用可增加出血倾向，应该避免合用。