女性三个月不来月经的危害，需要根据年龄进行分析。
1、月经初潮或绝经过渡期女性：月经初潮通常指女性的第一次月经来临，一般在十二岁到十六岁之间，此时身体处于青春期，由于卵巢发育通常并不完善，可能会使月经周期延长，如果没有其他不适症状，一般不会对其造成太大危害，不需要做特殊治疗。而绝经过渡期女性三个月不来月经可能是由于卵巢功能衰退后，体内分泌的雌孕激素产生波动所致，一般也不会产生明显的危害。
2、育龄期女性：如果是育龄期女性三个月没来月经，可能是妊娠引起的，此时卵巢通常不再周期性分泌雌激素和孕激素，而子宫内膜受孕激素的影响，会出现不再脱落的现象，导致妊娠期女性不会来月经，一般不会对身体造成明显伤害。育龄期女性三个月没来月经也可能是继发性闭经，会导致内分泌异常，出现性欲减少、体重下降、反应迟钝等症状，对身体造成一定损害。患者可以遵医嘱使用结合雌激素片、醋酸甲羟孕酮片等药物进行治疗，起到疏通血管的效果。
如果女性出现三个月不来月经的情况，可以前往正规医院妇科就诊，在医生指导下进行孕酮、血常规、B超、宫腔镜、子宫输卵管造影等检查，以明确病因并进行相应的治疗。日常生活中，女性应当注意劳逸结合，避免剧烈运动和重体力劳动。