口腔炎患者应在医生的指导下，根据病因选择药物进行治疗比较好。
1、感染性口腔炎：若因感染细菌而致病，常应用罗红霉素或头孢类的抗生素进行口服，若感染细菌为结核杆菌，则应用抗结核药物进行治疗；若因感染病毒而致病，常应用中药抗病毒药，如板蓝根冲剂、大青叶合剂、双黄连口服液等；若因感染真菌而致病，常应用抗真菌药，如氟康唑胶囊进行口服；若因感染梅毒而致病，则需要进行抗梅毒螺旋体的治疗，常需用苄星青霉素注射治疗。
2、过敏性口腔炎：应给予患者抗过敏的治疗，常应用抗组织胺类药，如扑尔敏等，严重者应给予糖皮质激素进行治疗，如强的松片。
3、非感染性非过敏性口腔炎：常应用中成药，如口炎清颗粒、白芍总苷胶囊等；或应用调节免疫的药物，如沙利度胺、氯化奎宁、左旋咪唑等。