HPV疫苗的安全性良好，副作用较轻微。常见的副作用为局部的红肿、疼痛；少数患者会有头痛、发热等全身不良反应；部分患者还可能出现过敏反应。
1、局部症状：是最常见的副作用，可表现为接种部位的红肿、淤青、疼痛、瘙痒，严重者还可能出现肿块、硬结、关节痛等症状。
2、全身症状：可表现为发热、头痛、乏力、咳嗽、肌肉痛、恶心、腹泻、头晕、呕吐等。此外，约有0.2%的受种者由于焦虑或压力过大，接种后发生晕厥，可能会因此而跌倒或撞击其他物品造成外伤。
3、过敏反应：少数患者会对HPV疫苗过敏，出现皮肤潮红、瘙痒，体表的荨麻疹或丘疹，严重过敏者，还可出现休克、呼吸困难等症状。一旦出现疑似过敏的症状，应立即告知医务人员，由专业医生进行紧急处理。
总的来说，接种HPV疫苗后，大部分人的副作用都较轻微，且在短期内可自行缓解。为避免发生严重副作用，接种完成后要配合留观15~30分钟，观察自身是否出现过敏、晕厥等不良反应，并及时告知医生护士。回家后多休息，避免劳累，出现不良反应可先观察1~2天，如果不良反应逐渐加重，应及时就诊。