HPV疫苗主要用于预防宫颈癌，也可以预防肛门癌、阴道癌、外阴癌等其他癌症，如果接种的是四价或九价疫苗，还可以预防低危型HPV感染引起的疣。
1、宫颈癌：宫颈癌的病因较为明确，几乎所有的宫颈癌都与高危HPV的长期感染有关，其中近七成都是由HPV16和HPV18这两种亚型感染造成的。现有的HPV疫苗都可以有效地预防HPV16和HPV18感染，九价疫苗还可以预防更多的高危型HPV，所以接种HPV疫苗主要用于预防宫颈癌。
2、其他癌症：除宫颈癌外，高危型HPV感染还可能导致88%的肛门癌、78%的阴道癌、24.9%的外阴癌等其他癌症，接种HPV疫苗也能有效地降低这些癌症的发生可能。
3、疣：如果接种了四价或九价HPV疫苗，还可以有效预防HPV6和HPV11这两种低危型HPV的感染。低危型HPV感染主要引起皮肤黏膜的良性赘生物，称为疣，当发生在生殖器及肛周皮肤黏膜时，即为尖锐湿疣。尽管疣为良性病变，但可能影响患者外观，且尖锐湿疣会随性行为传播，因此，HPV疫苗能起到一定的保护作用。
需要提醒的是，HPV疫苗不能百分百预防HPV感染，也不能治疗已经发生的感染，因此，已经完成了HPV疫苗接种的患者，仍需要定期进行宫颈癌筛查，发现HPV感染时也需及时就诊，在医生指导下进行正规治疗。