低位直肠癌应遵循以外科手术为主的综合治疗方法，需要根据疾病的分期确定具体的治疗方案。
临床上，根据低位直肠癌的侵犯程度（T分期）、局部淋巴结转移情况（N分期）和远处转移的情况（M分期），将其分为Ⅰ、Ⅱ 、Ⅲ、Ⅳ期，其中，根据肿瘤侵犯的深度分为T1、T2、T3、T4；根据有无淋巴结转移分为N0、N1、N2、N3；根据肿瘤有无远处转移分为M0、M1。如果肿瘤出现肝肺或者其他部位的远处转移即为M1，没有远处转移则为M0。
1、对于偏早期（0~Ⅰ期）的低位直肠癌，则可以直接进行手术治疗，然后根据患者术后的病理决定是否需要进行放疗和化疗。
2、如果患者的低位直肠癌是T3以上，即侵犯深肌层浆膜以下；或者T4，即已经突破浆膜或者周围淋巴结阳性，这样的Ⅱ、Ⅲ期以上的低位直肠癌，目前临床上，推荐先进行辅助放化疗再进行手术。
3、对于晚期（Ⅳ期）的低位直肠癌患者，即一经诊断已经存在肝肺转移的患者，则应明确患者的转移灶是否能够切除，如果能够切除，可以进行联合手术切除原发灶和转移灶。而对于不能直接切除病灶的患者，可以进行转化治疗，即先进行化疗，将不可以切除的转移灶变成可切除，然后进行手术治疗；或者进行姑息治疗，即肿瘤已经多处转移、无法进行手术治疗时，进行的姑息性的化疗，目前还有一些较新的治疗方法，如免疫治疗或靶向药物的治疗，肿瘤内科的医生会根据患者的具体情况酌情进行。