HPV大多可以彻底清除，个别会存在长期持续的HPV感染。
大部分的HPV感染都是一过性的，通常不需要特殊治疗，患者自身免疫系统就能够将病毒彻底清除，这个过程通常需要半年至一年的时间。如果患者体质较差，抵抗力低下，可以遵医嘱使用抗HPV生物蛋白敷料、红色诺卡氏菌细胞壁骨架、干扰素或一些阴道栓剂等增强局部抵抗力，也能达到彻底清除病毒的效果。
但个别患者，其自身免疫力不足以完全清除病毒，又没有采取治疗或治疗方法效果不佳，则可能会使HPV长期存活于体内。另外，如果患者没有接种HPV疫苗，又经常发生高危性行为，会导致HPV的频繁感染，即使免疫系统功能正常，也可能来不及完全清除病毒，这样也会造成HPV的长期持续感染，体内病毒难以被彻底清除。当体内存在长期持续的HPV感染时，患者出现宫颈病变的可能性高，应尽快到妇科就诊，明确诊断并尽快接受正规治疗。
建议符合年龄要求的女性，尤其是有高危性行为的女性，尽快接种HPV疫苗。如果检查发现自己已经感染了HPV，要重视病情，进行进一步检查明确具体感染类型，并在医生指导下开始治疗。