接种了流感疫苗后发现怀孕了，通常没有不良影响，孕妇不必过于担心。
目前，我国批准上市的流感疫苗包括三价灭活疫苗、三价减毒活疫苗和四价灭活疫苗，其中适合育龄期女性接种的为三价灭活疫苗和四价灭活疫苗，而灭活疫苗是采用化学或物理的方法杀死微生物之后制成的疫苗，经过了严格的生物安全检测，接种后不良反应轻微，更不会对胎儿的发育产生不良影响。因此，接种了流感疫苗后发现怀孕了，也不必过于担心。
由于怀孕后孕妇机体免疫和生理上的变化，孕妇感染流感病毒后，其病情严重程度和死亡风险要比未怀孕的育龄期女性高，而孕妇接种完流感疫苗后，可以诱导机体产生相应抗体，是预防流感最有效的措施，并且孕妇体内的抗体还可通过胎盘到达胎儿体内，从而降低新生儿出生后罹患流感的可能性。因此，目前国内外均建议孕妇要在妊娠期间主动进行流感疫苗的接种，以保证妊娠的顺利进行。