附件囊肿主要指卵巢囊肿。生理性的卵巢囊肿，通常可以自行痊愈，无需服用药物或治疗。而由病理因素所致的卵巢囊肿，只有由炎症或子宫内膜异位引起者，在医嘱下使用抗生素、性激素等药物治疗后，囊肿有消除的可能；其他类型的囊肿通常难以通过药物消除，需要根据囊肿的具体情况，在专科医生指导下，进行随诊观察或手术治疗。
1、生理性囊肿：与月经周期变化有关，如黄体期出现的黄体囊肿，排卵期出现的滤泡囊肿。囊肿体积一般不会超过5cm，且不伴随不适症状，并在1-2个月经周期后可以自行痊愈，通常无需进行药物治疗。
2、炎性囊肿：多由于盆腔急慢性炎症所致，主要表现为腹痛、下腹坠胀感、发热等症状，炎性输卵管囊肿还可出现阴道间断性排液的症状。这类患者，通常可以在医嘱下使用青霉素、甲硝唑、克林霉素、依替米星等抗生素进行抗感染治疗。同时，还可以配合理疗的方法，如微波、红外线照射等，促进盆腔血液循环，有利于炎症的吸收、囊肿的消退。
3、子宫内膜异位囊肿：由于子宫内膜异常生长在卵巢、输卵管上，可以引起子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿），这些异位的子宫内膜也可以随着月经周期发生脱落出血，导致患者在月经期出现更加明显的痛经症状。这类患者，可以在医嘱下使用布洛芬止痛，炔雌醇环丙孕酮、炔诺酮、米非司酮等性激素抑制异位子宫内膜生长、缩小囊肿体积，部分囊肿可以完全坏死而消除，部分则需要进行手术治疗才能消除。
4、其他：对于在体检中发现的体积较小的良性附件囊肿，通常无需特殊治疗，遵医嘱定期进行妇科B超检查，随诊观察囊肿变化情况即可。对于囊肿体积大，直径超过5cm者；随访3~6个月后，囊肿持续存在者；囊肿生长较快或绝经后女性出现的附件囊肿；附件囊肿出现蒂扭转或破裂引起急腹症者，通常都需要由专科医生根据病情选择腹腔镜手术或开腹手术切除囊肿。
在中医理论中，附件囊肿属于“癥瘕积聚”，可以采用行气活血的方法进行治疗，因此可在专科医生的辨证指导下使用桂枝茯苓丸、金鸡胶囊、金刚藤胶囊等中成药物。但其治疗效果有限，通常难以完全消除囊肿，因此对于体积较大或引起其他不适症状者，应该及时进行手术治疗。