早期流产是指发生在妊娠12周以前的流产，其原因主要包括胚胎染色体异常、内分泌异常、生殖器异常、免疫功能异常以及血栓前状态等。
1、胚胎染色体异常：胚胎染色体异常是早期流产最常见的原因，包括数目异常和结构异常，临床上以18-三体、21-三体等染色体数目异常较为多见，在早期流产的病例中，大约有一半的病例是和胎儿染色体异常或者基因异常有关的。
2、内分泌异常：母体的内分泌功能异常，比如患有黄体功能不全、高催乳素血症、甲状腺功能减退症等疾病，均可能导致早期流产。
3、生殖器异常：子宫畸形（如子宫发育不良、双子宫、双角子宫、单角子宫、纵隔子宫等）、子宫肌瘤、子宫腺肌病以及宫腔粘连等，均可由于影响胚胎着床发育而导致流产。
4、免疫功能异常：母体患有抗磷脂综合征、系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿性关节炎等自身免疫性疾病，则可能由于使胚胎受到排斥，而发生流产。
5、血栓前状态：母体在妊娠期存在血栓前状态，使子宫胎盘部位血流状态呈现高凝改变，则容易形成局部微血栓甚至引起胎盘梗死，使胎盘组织的血液供应下降，导致胚胎缺血缺氧，引起胚胎发育不良而流产。
6、其他：妊娠早期的胎儿还不太稳定，容易受到不良情绪状态、过度劳累等因素的影响，从而增加流产的发生风险。
需要提醒的是，如果孕妇发生早期流产，一般建议对流产产物进行染色体核型检查，以及基因微缺失、微重复检查，明确病因，对指导下一步治疗有一定的作用。如果早期流产是由于胚胎或者胎儿异常导致的，一般不需要进行母体疾病筛查和相关处理。