眼睛细菌感染是否会自愈，不能一概而论，主要取决于感染的严重程度以及患者自身的体质等方面。
一、会自愈的情况。
- 如果眼睛被细菌感染的程度较轻，比如患者的眼睛只有微疼、发红等症状，且患者自身的健康状况良好，则进入眼睛中的细菌可能会被机体的免疫系统杀灭，患者可逐渐自愈。
二、不会自愈的情况。
- 如果眼睛被细菌感染的程度较重，比如患者的眼睛已经出现了红肿、分泌物增多等症状，或患者自身的健康状况较差，则进入眼睛中的细菌一般难以被机体的免疫系统杀灭，即不能自愈。细菌感染可引起细菌性结膜炎、麦粒肿等疾病。需要积极进行对因治疗。
- 1、细菌性结膜炎：是一种由致病菌感染所致的结膜组织炎症性疾病，其是最常见的眼科疾病之一。临床上，在明确致病菌前，医生一般会先为患者应用广谱的抗生素类滴眼液，常用药物包括左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、加替沙星滴眼液、氧氟沙星滴眼液等；在明确致病菌后，医生会为患者应用敏感的抗生素类滴眼液，以缩短疾病的病程。
- 2、麦粒肿：如果细菌感染导致眼睑腺体发生炎症，可引起麦粒肿，表现为眼睛突然肿了，通常为单眼发病，还可伴有眼部疼痛、流泪、脓疱等。严重者可以局部应用妥布霉素滴眼液、金霉素眼膏等抗生素来控制病情；脓肿形成后可以采用手术切开排脓。
需要提醒的是，一旦怀疑眼睛被细菌感染，建议患者不要寄希望于自愈，而是应该及时前往医院的眼科诊治，以免延误了最佳的治疗时机。