孕晚期阴道真菌感染不会直接影响胎儿，但阴道真菌感染会导致孕妇出现外阴瘙痒、灼热等不适，会影响孕妇的睡眠和生活状态，有可能会间接对胎儿产生影响。
此外，如果在分娩前孕妇还存在阴道真菌感染的情况，阴道持续处于炎性状态，分娩时若有侧切、撕裂等情况，会导致缝合困难，容易引起更多出血以及产后的持续感染，不利于产后的康复。
因此，在孕晚期发现阴道真菌感染后，孕妇一定要尽早接受治疗，可在医生指导下应用抗真菌类阴道制剂，比如克霉唑栓、硝酸咪康唑栓、硝呋太尔制霉素阴道软胶囊等。另外，在治疗期间要注意个人卫生，每天用温水清洗外阴，避免阴道灌洗；勤换内裤，内裤要用开水烫洗，并在阳光下暴晒；以清淡饮食为主，避免进食过多的高糖食物，否则容易导致真菌在阴道内繁殖，导致病情加重。