输卵管囊肿一般不会发生癌变。广义的输卵管囊肿包括输卵管囊肿和输卵管系膜囊肿，其中输卵管囊肿多由炎症引起，基本不会癌变；而输卵管系膜囊肿多为良性，其癌变概率也很低。
1、输卵管囊肿：其并不是由于输卵管本身异常增生所致，而是由于炎症所导致的。在炎症急性期，可以引起输卵管发生渗出、伞端闭锁，导致局部出现积水或积脓，致使输卵管管腔增大，从而形成囊肿；当炎症消退后，脓液等坏死物质被吸收，可以在局部遗留内含清亮液体的囊肿。这类囊肿基本不会发生癌变。
2、输卵管系膜囊肿：这类囊肿大多是由于输卵管系膜增生所致，但绝大多数情况下是属于良性增生，其癌变的概率也是很低的。
需要注意的是，尽管输卵管囊肿发生癌变的概率很低，但如果没有进行及时正规的治疗，也可能会导致输卵管积脓、盆腔脓肿、囊肿扭转，从而引起急腹症、不孕、宫外孕等影响患者生活质量、威胁生命健康的危重情况发生。发生这些情况时，通常需要尽快就医，在医嘱下进行手术治疗，切除病灶。
建议出现输卵管囊肿的患者，及时到妇科门诊就诊，完善妇科查体、血常规、B超等检查，由专科医生明确诊断并确定治疗方案。