通常情况下，输卵管囊肿不能自愈。
在临床上，输卵管本身增生所形成的的囊肿非常少见，大多数输卵管囊肿是由炎症反应导致的。在炎症反应期，由于邻近器官组织炎症反应，引起输卵管组织水肿、组织粘连、输卵管伞端闭锁，从而导致输卵管积水或积脓，局部管腔扩大，形成囊状结构，即输卵管囊肿。目前临床治疗输卵管囊肿的方法，主要包括随诊观察、药物治疗和手术治疗。
1、随诊观察：对于体积较小的囊肿，通常不引起明显临床症状，这类患者可以在医嘱下定期妇科门诊复查，观察囊肿变化。
2、药物治疗：对于炎症反应中的囊肿，可能会出现发热、腹痛等不适症状，这类患者应在医嘱下服用青霉素、甲硝唑、依替米星等抗生素治疗，待炎症消退后，部分囊肿可以缩小或者消失；当药物治疗效果不佳时，需考虑进行手术治疗，切除病变部位。
3、手术治疗：对于囊肿较大，引起下腹坠胀感者；压迫膀胱，引起尿频、尿急症状者；因体位变化，发生扭转或破裂者；囊肿影响输卵管功能，引起不孕、宫外孕者，均需根据病情及时进行手术。
建议输卵管囊肿患者及时到妇科就诊，由专科医生根据具体病情进行针对性治疗。不能单纯自行判断，或寄希望于自愈，以免延误病情。