巴氏腺囊肿可能会复发。
巴氏腺囊肿主要通过切开引流方法治疗，待切口愈合后，若囊肿内残留有部分活性腺体，当腺体继续分泌液体，则可导致囊肿再次形成。此外，机体有两个巴氏腺，一侧治愈后，另一侧腺体也可能会患病，但该情况属于再发，不是复发。
巴氏腺囊肿是由于慢性炎症、先天性腺管狭窄、损伤等原因导致腺管口阻塞，分泌物积聚于腺腔而形成。如果囊肿体积较小，仅在妇科检查时发现，并且无不适症状或继发感染等情况，则通常无需治疗，定期随诊观察即可。但如果囊肿体积较大、引起不适症状、继发感染或者反复发作，严重影响日常生活，建议患者及时就医治疗。
医生通常会根据具体的病情，给予个体化的治疗方案，包括药物治疗（比如阿莫西林胶囊、甲硝唑片）、手术治疗（比如囊肿造口术、腺体切除术等），以获得较为满意的治疗效果。